Banyak sekali cabang-cabang atau bidang ekstrakurikuler di SMPN 5 Yogyakarta. Seluruh siswa dan siswi  wajib mengikuti kegiatan ekstrakurikuler kecuali kelas IX dikarenakan mereka harus fokus untuk ujian nasional. Kelas VII boleh mengikuti beberapa bidang ekstrakurikuler yang berbeda-beda. untuk kelas VIII jumlah ekstrakurikuler yang diikuti terbatas atau tidak boleh lebih dari 2 bidang. Ada kegiatan ekstrakurikuler yang sifatnya wajib dan pilihan. Untuk kegiatan ekstrakurikuler yang sifatnya wajib adalah pramuka. Akan tetapi, bagi kelas VIII dan IX diterapkan sistem block. Beberapa kegiatan ekstrakurikuler pilihan yang ada di sekolah diantaranya yaitu :

1. Basket
2. Footsal
3. Seni Bela diri
4. Kir
5. Jurnalistik
6. Fotografi
7. Tonti
8. Keterampilan Berbahasa
9. Seni Baca Alquran
10. Robotik

dan masih banyak lagi kegiatan ekstrakurikuler lainnya.